Gellar conoció a su esposo Freddie Prinze, Jr. en la película de 1997 I Know What You Did Last Summer, aunque su relación no se hizo publica hasta el año 2001, y posteriormente se comprometió y se casó en México el 1 de septiembre de 2002 en una ceremonia oficiada por Adam Shankman, un director de cine con quien había trabajado en Buffy the Vampire Slayer. La dama de honor fue su mejor amiga, Lindsay Sloane. En 2007, Gellar cambió legalmente su nombre a Sarah Michelle Prinze en honor del quinto año de matrimonio de la pareja.
Gellar ha dicho en entrevistas que cree en Dios, pero no pertenece a una religión organizada. Gellar ha dicho en las entrevistas que recoge ediciones raras de los clásicos de la literatura infantil. Gellar tiene cuatro tatuajes. Ella tiene un símbolo de integridad en su parte inferior de la espalda, un corazón, una daga y un florecimiento de los cerezos en su tobillo y dos libélulas en la espalda. Gellar ha revelado que ella sufre de fobia de ser enterrada viva. Ella ha dicho "Temo a los cementerios y tengo una gran fobia de ser enterrada viva. Fue muy duro ser una Caza Vampiros cuando tienen miedo de las tumbas."
Gellar y Prinze tuvieron una hija, llamada Charlotte Grace Prinze, nacida el 19 de septiembre de 2009.
que lastima , que no se quedarón juntos david boreanaz y sarah xq siempre me gusto más como pareja a ellos y se quedo con este !!! soy fanatica y admiradora de david y el es unico :-)
me encanta que esten juntos hace años que se conocieron y uan sugue.que bonito!!!! :)
pobre bello se cree lo que no es osea es decir se cree bello y esta horrible jajaja...........